L’implantation d’une première école française à Bahreïn remonte à 1976.
Les locaux actuels sur le site de Muharraq ont été ouverts à la rentrée 2000 et inaugurés par M. Dominique de Villepin, ministre des affaires étrangères, et le ministre de l’Education à Bahreïn le 14 janvier 2004.

L’établissement a depuis lors pris de l’ampleur et est devenu le Lycée français de Bahreïn, géré depuis 2008 par la Mission laïque française. Il assure sa mission de scolarisation sous la tutelle de l’Ambassade de France à Bahreïn, dans le cadre de l’accord de coopération liant le royaume de Bahreïn et l’État français.
Il compte actuellement 450 élèves qui suivent un enseignement direct et homologué par le ministère français de l’éducation nationale depuis la maternelle jusqu’à la classe de 3ème.
Un enseignement CNED est dispensé en seconde et en 1ère en attendant l’homologation prochaine des classes de lycée.
Bon nombre d’enseignants sont détachés du ministère français, les autres sont recrutés localement sur diplômes et bénéficient d’actions de formation continue dans le cadre du réseau AEFE Moyen-Orient / Péninsule Indienne.

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